En la temporada 2015/16, el equipo vuelve a competir en Primera División Regional Aficionados. Firma un convenio de colaboración con otro club de la ciudad, el CD Universidad de Burgos, club que esta misma temporada compite en la misma categoría que estaba el filial, camiseta fc barcelona la Primera División Regional Aficionados. En el verano de 2016, el club decide no inscribir al equipo filial en la Primera División Regional Aficionados, por el poco provecho que saca la primera plantilla del equipo filial y viendo los gastos que acarrea, lo hace desaparecer.
